১. MA Plot

MA Plot হল একটি scatterplot যা gene expression difference এবং average expression দেখায়।

• M (log ratio):
  • দুইটি condition বা sample-এর মধ্যে জিনের log fold change।
  • M = log2(Expression_Condition2 / Expression_Condition1)
• A (average):
  • দুইটি sample-এর মধ্যে জিনের average expression।
  • A = 0.5 * log2(Expression_Condition1 * Expression_Condition2)

উদ্দেশ্য:

• Differentially expressed genes (DEGs) চিহ্নিত করা।
• Low expression বা high variability জিনগুলো বোঝা।

ব্যবহার:

• Gene-level differential expression analysis।
• Low-count জিনের noise চিহ্নিত করা।

২. Volcano Plot

Volcano Plot হল একটি scatterplot যা significance vs fold change দেখায়।

• X-axis: log2 fold change (Expression_Condition2 / Expression_Condition1)
• Y-axis: -log10(p-value) (gene differential expression-এর significance)

উদ্দেশ্য:

• Genes যেগুলো যথেষ্ট fold change এবং statistical significance আছে তা সহজে চিহ্নিত করা।
• High fold change এবং low p-value থাকা জিনগুলো plot-এর কোণের দিকে থাকে → সহজে DEGs দেখা যায়।

ব্যবহার: