📖 আরএনএ-সিক ডেটা বিশ্লেষণ গাইড (সংক্ষেপে)

১. পরিচিতি

• RNA-Seq একটি হাই-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তি যা ট্রান্সক্রিপটোম (gene expression এর সম্পূর্ণ মানচিত্র) বিশ্লেষণে ব্যবহৃত হয়।
• ব্যবহার: জিন এক্সপ্রেশন পার্থক্য খুঁজে বের করা, নতুন ট্রান্সক্রিপ্ট শনাক্ত করা, আইসোফর্ম সনাক্তকরণ, অ্যালটারনেটিভ স্প্লাইসিং, অ্যালিল-নির্দিষ্ট এক্সপ্রেশন।

২. পরীক্ষার নকশা (Experimental Design)

• গুরুত্বপূর্ণ বিষয়: বায়োলজিক্যাল রিপ্লিকেট, টেকনিক্যাল রিপ্লিকেট, সিকোয়েন্সিং ডেপথ, রিড লেংথ, লাইব্রেরি প্রিপারেশন।
• সঠিক পরীক্ষার নকশা ফলাফলকে নির্ভরযোগ্য করে তোলে।

৩. RNA-Seq বিশ্লেষণ ধাপ

১. কোয়ালিটি কন্ট্রোল (QC)

• FastQC দিয়ে রিড কোয়ালিটি পরীক্ষা।
• অ্যাডাপ্টার, লো-কোয়ালিটি বেস, GC কন্টেন্ট, অতিরিক্ত সিকোয়েন্স শনাক্ত করা।

২. রিড প্রি-প্রসেসিং

• Trimmomatic বা Cutadapt দিয়ে অ্যাডাপ্টার কাটা এবং লো-কোয়ালিটি অংশ বাদ দেওয়া।
• শুধু ভালো মানের রিড রাখা।

৩. রিড অ্যালাইনমেন্ট/ম্যাপিং

• রেফারেন্স জিনোম বা ট্রান্সক্রিপটোমে রিড অ্যালাইন করা (STAR, HISAT2, Bowtie2)।
• ম্যাপিং কোয়ালিটি চেক করা।

৪. ট্রান্সক্রিপ্ট অ্যাসেম্বলি ও কোয়ান্টিফিকেশন